幾乎所有的反滲透膜/納濾膜系統在停機保存前應進行一次化學清洗，當了解到膜元件已經存在污染時，先清洗后保存就更為重要。典型的清洗順序如下：以pH = 11的溫和堿性清洗液清洗2小時，然后進行殺菌和短時酸洗。如果原水中不含結垢和金屬氫氧化物成份，可以不進行酸性清洗，具體程序請參閱 <<系統清洗與消毒>>。

清洗和殺菌之后，按如下步驟在10小時之內進行保存：

1)趕走壓力容器內的空氣，將元件完全浸泡在1~1.5%(wt)亞硫酸氫鈉保護溶液中。為使系統內的殘留空氣最少，應采 用循環溢流方式循環亞硫酸氫鈉保護液，使最高壓力容器開口處產生亞硫酸氫鈉保護液的溢流。

2)關閉所有閥門，使系統隔絕空氣。否則，空氣將會氧化亞硫酸氫鈉使保護液失效。

3)每周檢查一次保護液的pH值，當pH低于3時，更換保護液；

4)至少每月更換一次保護液。

在停機保護期間，系統必須處于不結冰狀態，系統環境溫度不得超過45°C (113°F)。低溫條件有利于停機保護。